铁路货物运辅费用包括车站费用、运行费用、服务费用和额外占用铁路设备等各项费用。铁路货物运输费用由铁路运输企业使用“货票”和“运费杂费收据”核收。
一、运输费用的计算
1.计算运输费用的基本依据是《铁路货物运价规则》(以下简称《价规》)；
2.查出发站至到站的运价里程；
3.从《铁路货物运输品名分类与代码表》(《价规》附件一)和《铁路货物运输品名检查表》(《价规》附件三)查出该品名的适用运价号；
4.按适用的货物运价号，依下侧附表计算出货物单位重量(整车为吨、零担为10公斤，集装箱为箱)的运费。单位重量运费与货物总重量相乘，即为该批货物的运费；
5.依《价规》附录一、二、三的规定，分别计算货物的电气化附加费、新路新价均摊运费、建设基金等3项费用，再与运费相加即为货物的运输费用；
6.杂费按《价规》的规定核收。
货物单位重量的运费计算办法
整车货物每吨运价=发到基价+运行基价x运价公里
零担货物每10于克运价=发到基价+运行基价x运价公里
集装箱货物每箱运价=发到基价+运行基价x运价公里
二、货物计费重量的确定
货物计费重量：整车是以吨为单位，吨以下四舍五入；零担是以10千克(10公斤)为单位，不足10千克进为10千克；集装箱是以箱为单位。每项运费的尾数不足1角时，按四舍五入处理；每项杂费不满1个计算单位，均按1个计算单位计算。零担货物的起码运费每批为2元。
三、价规所附运费核收法
铁路电气化附加费核收办法
凡货物运输中途经过下面附表所列电气化区段时,均按《铁路电气化附加费核收办法》(《价规》附录一)的规定收取电气化附加费。
电气化附加费计算公式：
电气化附加费=费率x计费重量(箱数或轴数)x电化里程。
新路新价均摊运费核收办法
铁路建设中新建线路不断增加，为了既体现国家实行新路新价的原则，又方便计算运费，凡经国家铁路运输的货物，按发站至到站国铁正式营业线和实行统一运价的运营临管线(见下表)的运价里程，均按《新路新价均摊运费核收办法》(《价规》附录二)的规定收取新路新价均摊运费。
新路新价均摊运费计算公式：
新路新价均摊运费=均摊运价率x计费重量(箱数或轴数)x运价里程。
注：整车货物中，化肥、磷矿石、棉花的费率为0.0021元/吨公里
铁路建设基金计算核收办法
铁路收取建设基金的目的是专款专用，保证铁路建设的不断发展。
铁路建设基金的计算公式：
建设基金=费率x计费重量(箱数或轴数)x运价里程
费率见下表
注：整车化肥、黄磷免征铁路建设基金。
表中棉花仅指籽棉、皮棉。
四、部分特殊运价
根据国家有关政策，国家计委、铁道部对部分临管铁路和新线运费实行特殊运价，见下表：
五、货物装卸搬运费率
铁路货物装卸搬运作业费收费项目分整车、零担、集装箱、杂项作业4种。各地区、各车站按其实际发生的项目和铁道部规定的费率标准核收。
计算装卸搬运费重量：整车货物以吨为单位，吨以下四舍五入；零担货物以10千克(10公斤)为单位，不足10千克进为10千克；集装箱货物以箱为单位。
货物堆放地点与车辆的最大距离：整车、零担货物为30米，集装箱货物为50米。人力装卸堆放于仓库和雨棚以外的货物、整车包装成件货物的装车距离为20米，散堆装货物除木材、毛竹、草秸类货物重复装车为20米外，其他货物均为6米。
凡超过上述规定的装卸距离，其超过部分按搬运处理。
货物装卸，搬运费用，按各铁路局规定收取。
六、其他运输费用
根据货物运输的需要，按《价规》的规定，核收货物快运费。
铁路国际联运货物、水陆联运货物、军事运输货物，分别按有关规定收取。
七、运输费用退补
托运人、收货人要求承运人退还多收运输费用时，须提出货票丙联或运费杂费收据。要求承运人支付货物运到逾期违约金时，须提出货物运单和货物全部搬出货场实际时间的证明。
承运人与托运人或收货人相互间要求退补费用的有效期间为180日，要求承运人支付违约金的有效期间为60日。每批货物发生退补的款额不足5元(零担货物每批不足1元)互不退补、互付或核收。个人托运的搬家货物、行李不受以上规定款额的限制。