指标体系的建立主要包括指标的选取及指标之间结构关系的确定两个方面。企业物流绩效评价指标体系的建立过程应该贯彻定性分析与定量分析相互结合的原则。定性分析主要是从评价的目的和原则出发，考察评价指标的科学性、针对性、完备性、稳定性、独立性以及指标与评价方法的协调性等因素，以确定指标和指标结构；定量分析则是通过一系列检验，使指标体系更加科学和合理可行的过程。因此，指标体系的构建过程可分为指标初选过程和指标完善过程两个阶段进行。
1.指标体系的初连
指标体系的初选方法有综合法和分析法两类。综合法是指对已存在的一些指标群，按一定的标准进行分类，使之体系化的一种构造方法。如在一些已拟定的指标体系基础上，做进一步地归类整理使之条理化后，形成一套指标体系。分析法是指将度量对象和度量目标划分成若干部分，并逐步细分，直到每个部分都可以用具体的统计指标来描述和实现。
2.指标体系的完善
指标体系的初选完成后，还必须进行完善化处理。首先，测试每个指标的数值能否获得，那些无法或很难获得准确资料的指标，或者即使能够获得准确资料但费用很高的指标，都是不可取的。然后，测试每个指标的计算方法、计算范围及计算内容的正确性，并对指标体系中指标的重要性、必要性和完备性进行分析。