总会计师和财务负责人区别在于，总会计师即不是一种专业技术职务，也不是会计机构的负责人或会计主管人员，而是一种行政职务。而财务负责人是指一般由财务总监担任，全面负责公司的财务管理、会计核算与监督工作的人。
总会计师是单位领导成员，是行政副手，不同于单位内部财会机构负责人，更不同于一般的会计人员，必须满足一定的任职条件。例如取得会计师专业技术资格后，主管一个单位或者单位内部一个重要方面的财务会计工作的时间不少于3年。
财务负责人必须是要具有会计师资格，且从事会计工作多年，拥有丰富的经验，有一定的管理能力，参与公司重大事项及生产经营决策。
