农产品供应链中的核心企业可以是农产品加工企业，也可以是购销企业或零售企业，无论是哪种类型的核心企业，其所发挥的主要作用有：
通过协调供应链上的信息流，降低农产品流通环节的交易成本。
通过对物料流的协调管理，降低农产品流通过程中的损耗。
使农产品在从田头到餐桌的这一过程中始终处于一种透明和可控制的状态，产品质量得到有效保障。
核心企业通过农产品的品牌化经营，可以树立起该产品在消费者中的质量信誉，进一步拓展消费市场。
使农产品市场需求信息准确及时地到达供应链中的相关节点，使农业生产更有计划性，从而减少农民的市场风险，提高农民收入。
为发展“订单农业”提供了物质基础。
但也存在许多问题，以加工企业为例：我国农产品加工企业简单加工多，精深加工少；异地加工多，就地加工少；点式加工多，链式加工少。农产品加工业转化率低、结构不够合理。整体效益不高、企业规模总体偏小、经济实力弱。地区发展不平衡、产业低水平同构现象突出、食品质量安全问题较多等方面。
1）信息流问题，主要表现在一些地方包括农产品价格信息、物流服务产品价格信息等的公共信息平台建设相对滞后，农产品供应链上企业和第三方物流企业的信息化建设水平较低，造成了农产品供应链信息流不通畅，供应链上游不知下游需求状况，下游也不知上游供应水平，农产品的生产加工与市场需求脱钩，市场消费者对农产品的质量状况知之不多，农产品供应链上存在不少无效的物流。信息化是现代物流乃至现代化农村的重要环节，我国要在2020年基本实现城乡经济社会一体化，没有信息化的支持将难以想象。然而，据一项对全国10多个省农产品批发市场的调查统计结果显示，不少批发市场尚未建立及时向社会发布供求信息和价格信息的平台，经营户对于市场信息的获得，最多的是通过交易现场获取，其次是依靠同行的传播，而依靠当地市场发布、部门发布、媒体及网络传播所占的比例较小。信息流问题制约了我国农产品的流通水平，这应当引起我们的重视。
2）物流问题。目前我国一些农村地区无论是生产、加工还是流通环节，都存在规模较小、管理水平较低、技术条件较差等问题，这些都制约了农产品供应链物流的供给水平。具体而言，农产品物流设备较为落后，并且较少根据农产品特点进行设计；物流专业化和社会化程度较低，第三方物流企业普遍较小，服务手段落后，物流外包市场没有形成规模，农产品物流效率不高；在农产品的生产、加工、包装、装卸搬运、信息处理、运输、销售、消费这个链条中，农产品运输环节是不容忽视的瓶颈，制约了农产品物流的实时流动，而且各个环节的衔接水平也不高，很有可能导致农产品供应链的延迟和断裂。冷链，指采用一定的技术手段，使易腐货物从采收加工、包装、贮藏、运输及销售的整个过程中都不间断地处于一定的适宜条件下，最大程度地保持从庄稼地到餐桌的最佳质量，包括全面的冷藏解决方案和应用系统，它最能反映农产品的流通水平。虽然我国农产品流通量很大，但与美、日、德等发达国家相比，我国冷链物流体系处于落后位置。这造成我国目前80%至90%以上的生鲜食品是采取常温保存、流通和初加工手段，冷链发展的滞后在较大程度上影响了农产品供应链的水平提升。据统计，常温流通中果蔬约损失20%至30%、粮油15%、蛋15%、肉3%，加上食品的等级间隔、运输及加工损耗，每年造成经济损失约上千亿元。