确定农产品电子商务的产品选择。首先是不能追求过多过全的产品选择。农产品种类多，不同产品的客户定位、供应链要求等差异很大，不能以过多的种类来吸引更多的购买需求，而是应当根据本企业的客户定位、供应链支撑能力等来选择农产品种类。其次是选择高品质农产品。如今的消费者越来越注重健康，人们在网购农产品时更在乎农产品质量，更愿意选择高品质、安全可靠的农产品。第三是产品选择还要关注其持续供应问题。农产品不同于其他商品，特别是生鲜农产品，地域性、季节性很强。因此，农产品电子商务选择产品还必须要关注其持续供应问题。
优化农产品电子商务的物流管理。一要提升冷链物流能力。大型农产品电子商务企业可以尝试自建冷链物流，但对于中小型农产品电子商务企业而言，选择与社会化、专业化的第三方冷链物流队伍合作更为合适。二要建立本地化的物流服务体系。基于大众化需求的农产品电子商务，必须要解决本地化问题，这就需要建立本地化的物流服务体系，与社区服务站、便利店等机构进行整合和合作。
加快农产品电子商务的标准化建设。建立农产品质量标准体系。对农产品按照不同分类建立质量标准体系，保障农产品的消费安全以及消费者对农产品优质化、规格化的要求，其在内容上至少包括品质标准、工艺标准、规格标准三个方面。建立农产品流通标准体系。很多农产品由于运输条件达不到，无法进入电子商务市场。因此，要建立农产品流通的分拣标准、包装标准、配送标准、验收标准以及管理标准等，囊括农产品流通环节的各个部分，提高农产品在更大范围流通的可能性。
解决农产品电子商务过程中的信任问题。实施品牌化战略。不仅要不断提升自身的业务建设和经营管理能力，逐步提高服务内容和手段的规范性、便捷性和高效性，通过提升客户认知度和满意度来提高品牌知名度，还要实施差异化的品牌竞争策略，创建代表企业的地标性品牌产品，避免陷入同质化竞争。实现原产地农产品直销。原产地农产品直销就是将农产品从原产地直接发货到消费者所在地，克服传统流通环节烦琐、效率低、损耗严重的缺点，拉近与消费者的距离，促进消费者的信任。建立重要农产品电子商务可追溯系统。引进农产品可追溯的概念，借鉴英国、美国、欧盟等国家和地区的农产品可追溯系统，建立电子商务领域重要农产品的质量安全可追溯系统，使消费者可以清楚了解其从田间到市场的整个生产流通环节。