航道行政管理的主要任务是保障航道畅通，为水运和经济建设服务，具体有以下几点；
1.保护和充分开发利用水运资源
党和国家一直把综合利用水资源作为一项基本国策加以重视。1988年公布的《水法》，把水资源综合利用作为一项重要原则固定下来。该法中与保护航道有关的法律规定有近20条，充分体现了水资源综合利用的精神。
《航道管理条例》在总则第三条中也明确规定：“国家鼓励和保护在统筹兼顾、综合利用水资源的原则下，开发利用航道，发展水运事业。”这充分体现了航道开发利用要。服从综合利用水资源的总体需要，也体现了水资源综合利用的其他各项建设，也必须兼顾水运的综合利用原则。
2.保障航道畅通
各级航道管理机构的一切工作，包括其从事的航道管理、养护、建设等都是为了给社会提供具备足够的通航水深、宽度、弯曲半径和流态等具有良好通航条件的航道，即为了保障航道畅通。
建国以来的经验证明，要保障航道畅通，必须有法律保证，必须以国家强制力制止航道上发生的影响航道通航条件的各种违法行为，这是航道行政管理的一项十分重要而紧迫的任务。
3.发挥航道在交通运输中的基础作用
水运具有运量大，建设占地少、投资省、效益好，成本低，能耗低的优势，在交通运输中有着重要的地位。但是，这种地位是靠航道在水运中的基础作用而实现的，保障航道畅通，发挥航道在交通运输中的基础作用，无疑是航道行政管理的重要任务。