第三方物流企业要想在市场经济的大海中不被淹没，除了注意尽其所能考察对方当事人订立合同的动机、目的和履行合同的能力外，还要在合同的订立、履行和纠纷处理等环节的管理工作中有所创新。
(1)签约时对合同结算方式的创新
预付款往往是服务提供方梦寐以求的，但买方担心款项被骗，因此这种结算方式在买方市场下往往难以采用，先服务后付款是买方梦寐以求的，但卖方担心款项难以追回，往往要求提供担保，这给交易的成功制造了种种障碍。
在目前国内经济活动中诚信存在缺陷时，第三方物流企业可在充分利用《合同法》和《担保法》等法律法规以维护自身权益的前提下，在一定条件下可在结算方式中尝试使用信用证的结算方式，以解决当事人之间的信用危机。
信用证是国际贸易结算中的常用工具，以往在我国仅见于涉外合同中。信用证是一种由银行根据买方的请求和指示向卖方开出的一定金额的，并在一定期限内凭规定的单据承诺付款的书面文件。由于一方的开户银行对另一方的现金流和资信状况更为清楚，该方能从其开户银行开出信用证，说明其对合同中主要业务的履行没有障碍，使合同能够更加顺利地得以履行。
信用证主要适用于对方突然大量订购物流服务或对对方信用状况存在疑虑的其他情况。信用证可弥补《担保法》规定的各种担保方式不能普遍适用的弊病。与违约金和预付款相比，信用证可最大限度地防止合同诈骗的发生和三角债的存在。违约金或预付款往往被骗子用来作为麻痹对方的工具。
我国加入wto后，企业之间的贸易活动使国界更加模糊化。同时金融行业的竞争将更加激烈，相信随着外资金融机构的介入和金融工具的创新，企业在经济活动中将越来越多地运用国际惯例，包括利用信用证结算。我国企业必须尽快学会运用信用证这一国际结算方式。
(2)签约后对合同风险管理的创新
合同签订后，物流服务提供方往往存在款项回收不畅的问题。企业间的这种三角债使得企业大量资金被应收账款占用，形成理不清、剪不断的债务链，资金周转速度减慢，企业成本增加，市场风险加大。对于原本资金紧缺的小型企业而言，三角债更是雪上加霜，严重制约着企业的发展。第三方物流企业可在签约后采用以下手段融通资金，防止三角债的困扰。
①保理。保理是对企业应收账款提供的一项金融服务，是由专门的保理商将企业之间的应收账单买下，然后代为收款和提供融资。企业不但可通过保理将其应收账款的收款风险转移给保理商，依靠保理商的专业技能对客户信用进行分析和管理，而且可合理运用保理融资功能，保持企业现金流的稳定。目前，我国交通银行等已把这一国际惯例引入国内，推出了国内保理业务。
保理主要适用于资金融通困难的企业，如中、小型企业和缺乏信用管理技能的大型企业。
②信用保险。信用保险是一种责任保证保险，是以信用交易中债务人的信用作为保险标的，在债务人未能如约履行债务清偿而使债权人遭受经济损失时，由保险人向馈权人提供风险保障的一种保险。目前信用保险仅有进出口信用保险，国内买卖之间的信用保险尚未开展。
③允许利用法律手段，应对合同纠纷的发生。在订立合同后，企业还应密切跟踪合同履行过程中的各个环节，收集相关资料。在对方违约包括预期违约时，及时采取有效的法律手段，避免和减少自身损失的发生，以维护自身合法权益。合同法规定，当事人在发现对方有违约或其他侵犯当事人权益的行为时可行使抗辩权，追究对方缔约过失责任和违约责任，进行合同保全。
④制定应对网络经济时代的规章制度。加入wto后，我国第三方物流企业可通过国内、国际两个市场，融通技术、资金等，寻找我国企业发展中稀缺的资源，并从全球采购物美价廉的产品或服务，提升企业竞争力。特别是进入新世纪以来，涵盖先进控制和优化控制技术、电子商务以及企业资源计划等在内的信息技术的发展，为企业实现全球采购、获得最佳的供应商和最好的产品价格提供了可能性。电子商务已成为企业利用信息技术进行节能降耗、减员增效的有力工具，成为企业可持续发展的重要保证和有效手段。但第三方物流企业也要充分认识网络交易在安全性方面所存在的缺陷。为此，企业要在电子商务方面建立健全的规章制度，并积极推动部门的立法机关完善电子商务方面的立法。
在经济全球化的今天，在我国第三方物流业存在诚信缺失的情况下，企业要生存和发展，开拓市场、获取利润固然重要，保证权益不被侵害更为重要。为此，企业还要不断创新，充分运用各种法律手段规避和化解经营管理中存在的各种风险，切实维护自身的合法权益。