总体来看，我国物流中心存在着经营分散，社会化程度低，物流布局不合理，物流技术含量低等问题。
1)体制弊端
目前在我国经济领域中存在的部门分割、地区分割等现象，严重阻碍了现代化物流中心的发展。由于各部门、各地区都从自身的利益出发，存在一种“肥水不流外人田”的思想，在制定发展规划时，缺乏必要的统筹与协调，缺乏综合性规划。较为常见的是铁路与公路等运输部门都组建了自已的物流中心，但这些物流中心横向联系少，资源不能共享，造成重复建设5资源的利用率低。
专业化分工和协作是物流中心赖以生存和发展的基础环境，条块分割和区域封锁却严重制约着现代化物流中心的建设和发展。主要表现在产业结构趋同化，即各地区没有很好地根据当地的实际情况，建立起能发挥本地区优势的产业，做到与其他地区优势互补。这种不合理性降低了地区间的比较优势，减少了商品流通的相对规模，使物流中心的生存空间受到相当挤压，增加了物流中心开展业务的难度，削弱了物流中心可能带来的比较利益。
2)物流中心信息化程度较低
目前，我国的物流中心在获取信息的手段和技术等方面与国外物流中心相比，有很大的差距。尽管我国的物流中心也已经开始了物流中心网络化建设，但其网络的覆盖面还远远不能满足需求。在信息化时代，没有及时、准确、全面的信息支持，物流中心的成功运作是相当困难的。
3)物流中心的社会化程度较低
目前我国的生产企业、流通企业中的“大而全”、“小而全”现象和思想仍然存在，这些企业一般都拥有自己的物流体系，这就造成了我国物流中心的规模小而分散，社会化、组织化程度低，在物流配送的各环节上衔接配套差，物流服务功能不完善。
4)物流中心的信誉有待提高
目前我国的物流中心还远远没有实现规模经营，因此带来的信誉问题是不可避免的。物流中心不能按照事先与客户达成的协议，圆满完成物流服务，从而使自己在客户中的声誉受到影响，这种现象经常出现。这将对该物流中心未来的发展带来严重影响。