往来款项中存在的问题包括：
1、企业内部对账不及时：即企业容易松懈对往来款项的管理，从而导致往来款项悬账或呆账；
2、往来款项账务处理不规范：即由于会计人员的问题，容易存在没有按照会计制度规定对企业的往来款项进行正确账务处理的风险；
3、存在利用往来款项账户调节利润的风险：即企业可以通过将销售收入或成本费用支出计入应收账款或应付账款中以调节利润和影响税收；
4、存在利用往来款项账户舞弊的风险：即相关人员可以将汇出的款项计入往来款项中以进行贪污舞弊活动；
5、容易导致账目混乱：即往来款项由于管理不善，容易造成相关账目混乱的情况。
