《国家税务总局关于公开行政审批事项等相关工作的公告》将其列入保留的行政审批项目。企业办理变更的流程及注意事项如下。
出口退税资格认定变更的依据：
《国家税务总局关于发布〈出口货物劳务增值税和消费税管理办法〉的公告》第三条规定，出口企业和其他单位出口退税资格认定的内容发生变更的，须自变更之日起30日内，填报《出口退税资格认定变更申请表》，提供相关资料向主管税务机关申请变更出口退税资格认定。
出口退税资格认定注意事项
变更退税办法的处理
国际货代公司等出口企业申请变更退税办法的，应在主管税务机关批准的次月起按变更后的退税办法申报退税。
原执行免退税办法的，应在变更次月的增值税纳税申报期内将原计入出口库存账的且未申报免退税的出口货物向主管税务机关申请开具《出口转内销证明》。
原执行免抵退税办法的，应将变更当月《免抵退税申报汇总表》中“当期应退税额”填报在批准变更次月的《增值税纳税申报表》“免、抵、退应退税额”栏中。
变更时结清税款的处理
原执行免抵退税办法的企业，主管税务机关对已按免抵退税办法申报的退税应全部按规定审核通过后，一次性审批办理退税。批准变更前已通过认证的增值税专用发票或取得的海关进口增值税专用缴款书，国际货代公司等出口企业或其他单位不得作为申报免退税的原始凭证。