1、网络安全问题。 电子商务是一种以信息互联网络为载体的商务活动模式。电子商务的发展面临最严重的挑战问题就是安全问题。其主要包括：支撑电子商务的网络系统是否正常运营、能否保证数据的完整和保密、以及一些需保密信息是否会被泄露等。很多企业缺乏对网络的综合管理机制，监督和审计机制，病毒的感染，网络黑客的入侵等造成了电子商务安全隐患的存在。
2、法制不健全问题。与发达国家相比，我国的电子商务法律法规并不健全。自电子商务的概念引入中国以来，有关电子商务的统一指导框架和专门立法仍存在空缺。主要是缺乏相关的法律法规和合同的认证，对网络犯罪的定罪和处罚没有具体可行的方法。
3、企业信息化水平较低。特别是中小企业对信息化从思想和认识角度普遍不够重视，导致投资小，进程慢，缺乏相应的人才和投入。
4、物流发展不成熟。目前，我国电子商务的供应链、运输链、信息链和服务链等配套环节很不完善。
5、标准化问题。根据对多家企业的调查统计,目前，真正实现产品编码标准化的仅占19.9%,部分实现的占45.8%;而在管理科目标准上,已经全部实现编码的只占13.2%,部分实现的占43.8%。很多企业在没有行业标准的情况下,自行建立企业、产品以及物流等代码,既浪费了资源,又阻碍了企业间信息流和物流的畅通。
6、网络支付问题。企业在网络支付上遇到的困难主要在于各大商业银行之间业务没有联通,资金的周转比较困难。
7、企业管理层对电子商务的认知程度问题。在调查中,企业领导者普遍只看好电子商务未来发展的,而大多数企业尚未制定出推进电子商务发展的战略。
8、网络市场规模问题。表现为：B2C有效用户规模和B2B用户规模很小。企业上网的主要目的还集中在发布企业信息和产品信息上。
9、IT技术和管理信息人才问题。企业在人才问题上面临着既缺少懂IT技术又熟悉业务流程的综合性人才。此外,企业信息化基础建设薄弱、第三方物流配送体系缺乏等,也是制约企业互联网应用和电子商务发展的因素。
我国电子商务的发展时间的虽然不长,却有着很好的发展势头，相信在的大力支持下,加上国内企业和广大民众的热情投入,在不久的将来,在全社会的参与和努力下,一定会得到突飞猛进的发展!