物流运输合同是提供劳务的合同，劳务是一种行为，因此，运输合同的标的是行为。从事运输活动主要以盈利为目的，因此运输行为也可以说是一种交易行为。既然是交易，就要遵从一定的规则，这个规则就是法律规定。可以想像，没有规则，为所欲为的活动必定会造成无序与混乱;没有规则的交易也势必带来争议和纠纷，且极容易导致诉讼。为了避免混乱和诉讼，达到如期运抵和运输赢利的目的，签订、履行运输合同的双方，应当充分了解和依法、依约履行自己的权利与义务。
承运人的主要权利：
1.承运人的留置权。
《合同法》第三百一十五条规定，“托运人或者收货人不支付运费，保管费及其他运输费用的，承运人对相应的运输物流享有留置权，但当事人另有约定的除外。”一旦承运人根据合同约定的内容，完成运输义务而托运人或收货人不支付运输费用的，承运人可以留置该承运的货物。留置物属于担保物权的一种，其功能在于以被留置物的交换价值来担保债权的实现，留置权的本意是扣留被运输的货物并拒绝交还，来督促托运人或收货人尽快清偿运输费用。根据我国《担保法》的规定，运输合同、保管合同、加工承揽合同的债权人享有留置权，当然如果货物运输合同双方当事人对承运人能否行使留置权等问题另有约定的，双方则遵守此约定。留置权的担保范围包括主债权的利息、违约金、损害赔偿金、留置物的保管费用和实现留置权的费用。留置权人应当妥善保管留置物，否则要承担民事责任。留置权人留置财产后，应当通知对方在两个月内履行相关义务，两个月后对方仍不履行义务，双方可以协商，以留置物折价，也可以依法拍卖、变卖留置物。
2.承运人的提存权。
《合同法》第三百一十六条规定：“收货人不明或者收货人无正当理由拒绝受领货物的，依照本法第一百零一条规定，承运人可以提存货物。”在履行运输合同过程中，收货人拒收物流，或收货人不见踪影的事时有发生，造成债务履行受阻，严重影响承运人的经济利益，也造成承运人的财产关系不稳定，法律创设的提存制度的目的正是为了使这一不稳定的财产关系得到稳定，提存的目的是使债务归于消灭。提存的方式是承运人向接收货物所在地的公证机关申请公证，由公证机关指定存货场所，其效果是免除承运人因继续占有货物可能带来的风险。提存与清偿发生同等消灭债权的效力，债权人即托运人或收货人对承运人给付货物的债权因此而消灭。货物在提存期间，其毁损灭失的风险由债权人承担，提存的保管费用及其他费用亦由债权人负担，而提存物的收益应为债权人享有。
3.收取承运费的权利。
承运人的主要义务：
1.承运人应当按时、按地、安全地完成运输义务。
2.通知义务。《合同法》第三百零九条规定：“货物运输到达后，承运人知道收货人的，应当及时通知收货人，收货人应当及时提货。收货人逾期提货的，应当向承运人支付保管费等费用。”通知义务是基于诚实信用原则所产生的法定义务。
托运人的主要权利：
按照《合同法》第三百零八条规定，在承运人将货物交付收货人之前，托运人可以要求承运人中止运输，返还货物，变更到达地或者将货物交给其他收货人，但应当赔偿承运人因此受到的损失。但收货人变更或解除运输合同须在货物交付收货人之前，托运人变更或解除运输合同无须提出理由或征得承运人的同意。托运人因变更或撤销运输合同而赔偿承运人的损失应当包括装货、卸货和其他与此有关的费用。
托运人的主要义务：
1.如实申报货物内容;
2.向承运人提交有关手续文件;
3.妥善包装;
4.托运危险品的告知义务。托运人如托运易燃、易爆、有毒、有腐蚀性、有放射性的货物，应将有关危险物品的名称，性质和防范措施的书面材料提交承运人。托运人未尽此项义务，承运人则有权拒绝运输，也有权采取相应措施以避免损失的发生，因此产生的费用由托运人承担。
5.支付承运费用。
在实践中，托运人与承运人因不能正确履行合同导致纠纷的情况常有发生。