合同审计的主要方法包括以下六种：
1、询问法：即审查合同管理机构设置及人员配备情况、岗位职责制定及履行情况、合同管理流程情况以及合同管理基础工作等；
2、流程图法：即将招投标、委托授权、合同签订、合同履行、终结及售后服务全过程，以流程图的形式绘制出来；
3、测试表法：即将合同各关键控制环节以测试表的形式进行测试，查找合同管理的风险点和控制缺陷；
4、现场观察：即深入合同相关方现场，了解合同双方的资质资信情况，观察工艺流程，获得第一手资料；
5、历史分析法：即审查与合同相关的财务、统计和企业管理历史资料等；
6、环境分析法：即对相关方社会环境变化趋势、可能变更的法律法规等进行深入分析。
合同审计是内部审计机构和人员对合同的签订、履行、变更、终止过程及合同管理进行独立客观的监督和评价活动。