在实际问题中，供应链上可能发生的风险不单单是数量多，并且出现的形式繁多，在大多数情况下这些风险多可能成为供应链风险。供应链风险可能是因为各自不同的影响因素所引起。因此可以用不同的方式、不同的角度来分类，从而得到有不同的分类结果。同时供应链中的风险因素达到一定程度后将会造成风险的爆发，风险因素是风险爆发的前提，因此必须要对供应链风险因素进行分析议论，从而从根源上解决供应链风险的发生。 如按照供应链的组织和运作的角度对来分类，并分析各类风险因素成因。
1）制度控制风险
内部控制被定义为各级管理人员为了保证单位的安全性、整体性，确保准确可靠的经济和会计信息，调整运行的行为，使用单位对经济活动的控制以及相互制约的内部分工，形成了一系列的控制功能、惯例、标准化、系统化相对完整的系统。内部控制可以分为控制的设计和执行两个方面。对供应链的有效运作，首先要有良好的结构组织和运作机制，表现在各个部分，如企业的内部控制是在确保良物流和信息流。一系列完善的内部制度是企业发展成功因素，制度上存在缺陷会增加风险爆发概率和频率。例如，物流控制的不规范，物流运输的延迟;信息体系的缺陷，信息的失误使企业对市场需求的发生偏差，造成企业产品的生产增多，库存的积压，资金无法回流。虽然内部控制具有良好的组织结构和运作机制却不能保证供应链完整有效运作，那是根据供应链内部体制和机制有没有有效运行和实施。好的控制政策和制度下，使控制政策和制度在供应链上得到有效的实施。全球最大的零售商沃尔玛有着完善的制度控制，能避免无关的风险发生，更好的对作业流程加以指导和控制，从而达到高效的运营，使每天的销售额多大10亿美金。
2）合作风险
由于组成供应链的成员都是独立经营的企业，其经营目标都是不同的，甚至是互相矛盾。例如，制造商希望销售商的采购大且稳定，但销售商为了实现柔性化销售，以满足不同客户的需求，使采购不稳定而且还期待制造商能够保持良好的供应和高水准的产品质量。这通常是表示供应网络是极为复杂的。供应网络包含了大量的货源和营销渠道，因为各自的对象尽不相同，协调渠道之间的关系变得极为艰巨，因此在各行业之间合作需要高度的诚意。企业有着各自的经营利益，为了实现预期目标收益的最大化，企业之间经常会选择相互合作。核心企业贸易越大，容易形成更复杂的供应网络，各个企业之间的合作更加困难。供应链管理是一个系统的优化，但由于相互冲突的目标，使供应链成员的利益不可避免的发生矛盾，往往会出现企业合作伙伴的不正当竞争、自私自利的行为和利润的分配不均，造成合作关系的破裂。例如企业为了利益最大化隐瞒了重要的销售信息、客户信息，来变相提高成本，造成产品的利润降低，销售量减少。这种利益时建立在合作伙伴的损失之上的，不利于供应链效率的提高。如超市与产品供应商之间的合作关系，超市希望供应商产品价格低于市面水平，且货源稳定；而供应商会变相的提高成本，来面对超市的要求。两者在价格上的要求都是为了获得更多的利益，这也使得他们不断产生矛盾。
3）供应风险
供应风险是企业在货物运到组织中受到的影响因素对企业的成本和利益带来的不确定影响。良好的供应是确保供应链整体利益最大化的关键因素。而在实际过程中企业出现管理不当，反应不迅速柔性低，交货延迟，资金流动慢等问题，这些失误都有可能对供应商和零售商造成损失。例如企业实际运输过程中机械故障、信息错误、交通堵车、员工偷懒等原因造成的失误，这些失误将导致货物运输延迟，从而错过最佳的销售时间使收益减少；供应商的选择不当，某些供应商规模小又不善管理等等因素都会影响到零售商的货源问题，造成供应紧缺，这对零售商是个很大的风险。这类风险主要是自于供应商的与物流的不确定性带来的影响，有供应商生产风险、供货延迟风险、采购风险等。最具有代表性的就是物流配送风险。如超市的产品基本上多需要物流公司进行配送，产品的在物流过程中可能会发生一些意外事故以及物流公司自身的造作失误，都将给超市的利润来来损失。
4）需求风险
在供应链中，生产是由需求决定的，不管是需求过大和需求过小都会对整个供应链的运行乃至生存产生非常重要的影响，怎样解决供应链中需求的不稳定所造成的影响是供应链管理的重要问题。利用需求带来的影响来确定需求不稳定的范围，积极配合客户得需求变化来减少不稳定性，通过对需求的变动使用多种计划方案来降低其造成的危害。供应链的建立是为了响应市场需求，更好的抓住机遇，从而快速发展，生产相应的产品来主导市场，但是市场需求的不确定性和需求的变化虚假信息，容易导致企业的自身风险。市场上的产品种类和货源丰富，可以让客户选择更为自由化，但客户多元化的需求，容易减少对产品的忠诚度，便于从一种产品转移到另一种产品，使得该产品的需求量减少，企业反映不及时造成产品的几积压。因此供应链的调整需要提前制定需求计划，该计划要求准确预测市场需求的产品。企业的生产需要考虑到客户的需求信息，然会对生产进行协调。但虚假的需求信号在传递过程中会逐渐扩大，企业依据错误的信息来增加库存以降低风险。虚假信息在供应链上的传递使得企业的生产、管理的成本增加，资金回流缓慢，市场竞争能力减弱。如超市根据供应商的虚假信息大量进货某类产品，而该产品的市场需求较低，使得超市销售缓慢，产品积压，变相导致超市的成本增加，利润减少。利用需求带来的影响来确定需求不稳定的范围，积极配合客户得需求变化来减少不稳定性，通过对需求的变动使用多种计划方案来降低其造成的危害。同时加强信息渠道的建设使得信息高速、准确的传递，杜绝虚假信息。