未来我国医药物流行业有两个显著的趋势：一是物流整合上升到企业战略管理高度;二是物流服务与主营业务分开，实行专业化管理。
(1) 物流整合上升到企业战略管理高度
现代医药物流运作方式将从传统的批发模式向供应链管理模式发展，以物流中心为平台，与制造商及其他供应商(上游企业)和药品零售商及其他分销商(下游企业)建立一种面向市场的供应系统，提高药品分销效率，并形成相对稳定的产销联盟网络。在这一转变过程中，物流管理在很多企业中已经从作业管理的层面上升到了企业战略管理高度，被当作发展战略的重要内容予以重视。形成这一趋势的原因有两个：第一是医药行业重组、整合的过程中，企业规模不断扩大，而物流网络是保障企业业务资源能够有效整合，形成规模优势的根本;第二是医药行业进入“微利时代”后，通过强化物流管理实现减本增效，以期在激烈的竞争中实现自身的成本优势。
(2) 物流服务与主营业务分开，实行专业化管理
目前国内医药物流利润率仅为0.6%- 0.7%;费用率仍高达10%左右，就其原因就是因为传统的物流模式运营成本太高，所以国内许多大型医药企业，例如上海国药、上海医药、南京医药等，都把原有的物流业务、资产人员剥离或托管给第三方物流公司，并与第三方物流公司实行独立结算、相互考核。形成这一趋势的主要原因有两个：第一，第三方物流公司的专业化运作可以有效地提高物流服务水平、降低物流成本，为母体创造可观的经济效益;第二，第三方物流公司在为母体提供物流服务的同时还可以利用剩余资源为社会上其它企业提供相似产品的物流服务。这对于初期投资巨大的医药物流项目而言，可以大大提高项目的投资回报率，实现集约化经营。可以预见到的是：在医药物流越来越受到重视的将来，我们将会看到越来越多这样主辅分离、专业化运营的管理模式。